ChIL-seq 이란?

ChIL-seq은 세포 분해를 하기 전에 표적 분자와 밀접하게 관련된 게놈 시퀀스의 증폭을 가능하게 하는 후생유전학적 프로파일링 방법입니다. ChIL-seq는 소량의 샘플(100 ~ 100K 세포, 얇은 조직 섹션)의 후생유전학적 프로파일링에 특히 유용하며 단일 세포 연구에도 적합합니다. ChIP-seq 또는 CUT&Tag에 필적하는 결과를 가진 광범위한 Histone modification 및 전사 인자를 연구할 수 있습니다. 또한, 현미경으로 공간적 위치를 파악하고 및 면역 염색반응을 조절 할 수 있는 형광 Probe가 이용됩니다.

 ChIL-seq 특징

• 샘플 요구 사항: 100 – 100K adherent cells
• 공간적 정보의 시각화
• Chromatin preparation-free
• Robust library preparation – 어댑터를 연결하기 위해 Tn5에 의해 항체 표적 제어 제자리 전위 적용
• T7 RNA 중합효소에 의한 linear amplification 사용으로 인해 PCR duplicates 감소 및 unique reads 증가
• 96-well 형식 이용하여 대규모 병렬 DNA 시퀀싱 가능

Diagenode의 세포에 대한 ChIL-seq 프로토콜은 일본의 Ohkawa 교수와 Kimura 교수가 개발한 고전적인 ChIL-seq 프로토콜에서 채택되었으며, 2019년 Nature Cell Biology에서 처음 출판되었으며 2020년 Nature Protocols에 게재되었습니다.

프로토콜의 핵심 구성 요소인 ChIL Probe는 T7 프로모터를 포함하는 이중 가닥 DNA(ChIL DNA)와 결합하는 2차 항체(anti-mouse 또는 anti-rabbit IgG)와 Tn5 Transposase 결합을 위한 모자이크 말단을 포함하여 시퀀싱 라이브러리 준비를 위한 프라이머 시퀀스로 구성됩니다. ChIL Probe(Goat, anti-rabbit) 및 ChIL Probe(Rat, anti-mouse) 입니다.

1. Harada, A., Maehara, K., Handa, T. et al. A chromatin integration labelling method enables epigenomic profiling with lower input. Nat Cell Biol 21, 287–296 (2019). https://doi.org/10.1038/s41556-018-0248-3

2. Handa, T., Harada, A., Maehara, K. et al. Chromatin integration labeling for mapping DNA-binding proteins and modifications with low input. Nat Protoc 15, 3334–3360 (2020). https://doi.org/10.1038/s41596-020-0375-8

3. Maehara K, Tomimatsu K, Harada A, Tanaka K, Sato S, Fukuoka M, Okada S, Handa T, Kurumizaka H, Saitoh N, Kimura H, Ohkawa Y. Modeling population size independent tissue epigenomes by ChIL-seq with single thin sections. Mol Syst Biol. 2021 Nov;17(11). https://doi.org/10.15252/msb.202110323