ATAC-seq Kit
Reaction당 50,000개 세포에 최적화된 고도로 검증된 프로토콜을 기반으로, 세포 용해 및 핵 추출, tagmentation 및 DNA 정제 그리고 라이브러리 증폭을 위한 시약이 포함되어 있는 키트 (Index 별도 구매)
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin)
Buenrostroet al., Nature, 2013
Cell requirement: 50,000 cells / rxn
반복 실험 간의 높은 재현성을 가진 강력한 프로토콜
Diagenode의 MicroChIP DiaPure 컬럼(포함)을 사용하여 tagmentation 반응 후 쉽고 효율적인 DNA 캡처 가능
라이브러리 증폭에 필요한 주기 수를 결정하기 위한 추가 qPCR 단계:
– 과잉 증폭 방지
– 까다로운 샘플도 라이브러리 준비 가능하도록 적응/유연성을 허용
– 실험에 문제 발생 시, 조기 확인 가능 (qPCR 증폭 없음)
Figure 1. Diagenode ATAC-seq 키트와 K562 세포의 50,000개 핵에 대한 태그가 지정된 라이브러리(Cat. No. C01011034)용 24 UDI로 준비된 ATAC-seq 라이브러리의 대표적인 Bioanalyzer 프로파일.
Figure 2. Diagenode ATAC-seq 키트와 K562 세포의 50,000개 핵에서 태그가 지정된 라이브러리(Cat. No. C01011034)용 24 UDI로 준비된 ATAC-seq 라이브러리(3회 복제)의 시퀀싱 프로파일.
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin)은 유전자 발현과 관련된 염색질의 “열린” 영역을 쉽게 식별하는 것이 핵심 기술입니다. Tn5 transposase 은 샘플과 함께 배양되며, 열린 염색질과 관련된 게놈 영역에 접근할 수 있습니다. 이 과정에서 해당 영역이 잘리고 시퀀싱 어댑터가 추가되어, 시퀀싱이 가능하게 됩니다. 이후, 높은 처리량 시퀀싱은 염색질의 열린 영역에서만 피크를 감지하여 샘플의 전체 게놈에서 염색질 상태의 지도를 제공합니다.
